С приходом Л. П. Берии на пост главы НКВД СССР масштабы репрессий сократились. За 1939 год по обвинению в контрреволюционных преступлениях были осуждены к высшей мере наказания 2,6 тыс. человек, за 1940 год — 1,6 тыс.


После военной операции по установлению контроля над восточными регионами Польши — Западной Белоруссией и Западной Украиной началась кампания арестов на этих территориях. Согласно статистическим сводкам Главного управления государственной безопасности НКВД, изученным О. А. Горлановым и А. Б. Рогинским, по обвинению в контрреволюционных преступлениях с сентября 1939 по июнь 1941 года там было арестовано 108 063 человека.

Кроме того, в 1940 году были проведены три массовые депортации населения из Западной Белоруссии и Западной Украины:
в феврале 1940 года около 140 тысяч польских осадников и лесников с семьями были вывезены в спецпосёлки НКВД в северных и восточных районах СССР;
в апреле 1940 года последовала административная высылка в Казахстан около 61 тысячи членов семей арестованных участников подпольных организаций, офицеров польской армии, полицейских, тюремщиков, жандармов, помещиков, фабрикантов и чиновников польского государственного аппарата. Главы этих семей в основном были расстреляны (смотри статью Катынский расстрел);
в конце июня 1940 года были депортированы около 78 тысяч беженцев с территорий Польши, оккупированных нацистской Германией, которые отказались принять советское гражданство. Среди них было много евреев.

В мае — июне 1941 года на всех присоединённых к СССР в 1939—1940 годах территориях (Западная Украина и Западная Белоруссия, Прибалтика, Молдавия, Черновицкая и Измаильская области УССР) НКВД были проведены массовые операции по аресту и депортации «социально чуждых» элементов. Были арестованы участники «контрреволюционных партий и антисоветских националистических организаций», бывшие помещики, крупные торговцы, фабриканты и чиновники, бывшие жандармы, охранники, руководящий состав полиции и тюрем. Они по решениям Особого совещания при НКВД СССР направлялись в лагеря на срок 5—8 лет с последующей ссылкой в отдалённые местности на срок 20 лет. Члены их семей, члены семей участников «контрреволюционных националистических организаций», главы которых были осуждены к расстрелу либо скрывались, а также беженцы из Польши, отказавшиеся принимать советское гражданство, направлялись на поселение сроком 20 лет в Казахскую ССР, Коми АССР, Алтайский и Красноярский края, Кировскую, Омскую и Новосибирскую области.

В результате этих операций было направлено в лагеря около 19 тыс. человек, а ещё около 87 тыс. были направлены на поселение.

Количество этих репрессированных распределяется по различным территориям так:
Эстония — 10 016
Литва — 17 501
Латвия — 16 900
Молдавия, Черновицкая и Измаильская области УССР — 30 389
Западная Украина — 11 093
Западная Белоруссия — около 21 000.